南京晓庄学院是由南京师范专科学校、南京教育学院和南京晓庄师范学校于2000年合并成立的综合性本科院校。南京晓庄学院环境科学学院成立于2014年11月。向前追溯，可以上溯到1952年南京教师进修学校、1958年南京师专、1927年南京晓庄师范学校中的相关专业。

  在几十年的建设和发展中，院系整体规模和办学实力不断提高，专业不断扩充，经历了从无到有、从小到大、从少到多的发展历程，培养了各种类型的学生。文革后，南京教育学院先后开办化学专业、地理专业高师专科系统进修班和教材教法进修班，在职中学教师的大专层次脱产班和普通高校招生考试的大专班。南京师专地理系（科）自1984年起，每年招收全日制地理教育专业一个班。南京师专教院成立后，化学系、地理系每年正常招收普通高校招生化学、地理师范专业学生。该专业学制自1996年起二年制转为三年制专科；并分别于1997、1998、1999年先后与南京师大联办四年制本科，2000年独立承办。1995年起地理系建立非师范专业：“地籍测量与土地管理”（二年制专科），1998年起二年制转为三年制专科，2003年停办。地理科学系2001年起设资源环境与城乡规划管理（四年制本科）、旅游管理（三年制专科）两个非师范专业，并与英语系联办旅游管理与应用英语双专科班。2003年增设非师范专业：地理信息系统。地理科学学院资源环境与城乡规划管理专业2008年增设旅游管理方向（四年制本科），并与韩国湖南大学联办本科，设城乡规划与景观设计方向（2+2培养模式）。化学系2003年开始在化学专业招收分析技术方向本科生，2008年起招收精细化工方向对口单招本科生。

  2006年起开始分别招收生物、化学专业专升本学生。2005年起，本院教授分别与南京师范大学、徐州师范大学、南京农业大学、安徽农业大学等高校联合培养硕士研究生。

       2009年7月由原生命科学系、化学系和地理科学学院合并组建了生物化工与环境工程学院。2014年11月，撤销原“生物化工与环境科学学院”建制，成立“环境科学学院”。

  多年来，承担南京市教育部门下达的中学化学、生物、地理教师的各类培训任务，开办了多期培训班。并且承担了江苏省中学教师的培训任务，承办了省级骨干教师培训班。